Hallo Micha,

ich hatte seit geraumer Zeit ein Problem damit, dass ich unter Ubuntu 17.10 Jag3D nur vom Terminal-Fenster starten konnte. Der Start über dein Icon wollte auf dem Desktop nicht gelingen.
Das Grundproblem war, dass in deinem Shell-Script der Pfad zur jar-datei nicht absolut angegeben ist. In meiner Ubuntu-Version funktioniert der Start über ein Icon dann nicht.

Vielleicht kannst Du zukünftig das als Hinweis in deine Doku aufnehmen.
Inhalt der .sh Datei:

#! /bin/sh
java -jar -Xms200m -Xmx500m /home/Username/MeinProgrammVerzeichnis/JAG3Dv20180701/jag3d.jar 12>/dev/null

Wer dann noch das Desktop-Icon verwenden möchte, muss/kann folgende Datei "Jag3D.desktop" einmal im Verzeichnis "/home/Username/Schreibtisch" und einmal im Verzeichnis "/home/Username/.local/share/applications" speichern.

[Desktop Entry]
Name=JAG3D
GenericName=Jag3D Least Squares
GenericName[de]=Jag3D Ausgleichung
Comment=Autor M. Loesler
Exec=/home/Username/MeinProgrammVerzeichnis/JAG3Dv20180701/JAG3D.sh
Icon=/home/Username/MeinProgrammVerzeichnis/JAG3Dv20180701/resources/splash/JAG3D_255x255_splash.gif
Terminal=false
Type=Application

Die Pfadangaben müssen natürlich angepasst werden. Nicht vergessen, die .sh-Datei und die .desktop Dateien ausführbar zu machen!
Vielleicht helfen diese Hinweise jemandem.

Viele Grüße aus Wittenberg

Heinz-Theo